Ces religions sont restées minoritaires jusqu'au milieu du 20ème siècle, avant de devenir en quelques décennies un élément majeur d'identité locale. En effet, dans un archipel pourtant en majorité islamisé, 95 % des Timorais sont aujourd'hui chrétiens, à l'ouest comme à l'est.

L'actualité internationale a surtout retenu le drame du peuple de Timor Oriental de 1975 à 1999. Le pape Jean-Paul II lui-même a dit qu'il priait spécialement, tous les jours, pour que cesse sa souffrance. Cette cause a valu à Mgr Belo, l'évêque de Timor-Est, de devenir le premier dignitaire catholique à recevoir le Prix Nobel de la Paix en 1996.

La partie occidentale est moins connue. Pourtant les rivalités entre cultes traditionnels, catholicisme, protestantisme et islam y sont vives. Timor Ouest a aussi été le théâtre de mouvements de renouveau chrétien, dont les plus important en 1965 aurait abouti selon de nombreux témoins à la réalisation de tous les miracles décrits dans le Nouveau Testament. Selon l'évangéliste américain Kurt Koch, « Dieu avait quelque chose à dire à l'ensemble du monde » à travers ce qui se passait à Timor.

L'histoire s'est trouvée une nouvelle fois bouleversée en 1999, lors des troubles consécutifs au référendum pour l'indépendance du Timor Oriental. Pendant des mois, des centaines de milliers de déplacés ont vécu dans des camps à l'ouest, amenant les Eglises des deux moitiés de l'île à réfléchir et à s'interroger sur la place du christianisme dans les sociétés timoraises d'aujourd'hui et de demain.